Haeckel ist nicht nur der erste deutsche Wissenschaftler seiner Zeit, der Darwins Evolutionstheorie verteidigt. Sondern auch der erste, der versucht, sie weiter auszubauen und zu ergründen. So vermutet er, dass alle Tiere – so auch der Mensch – den gleichen Ursprung haben und versucht dafür auch ein entsprechendes Argument zu finden.
Evolution im Schnelldurchlauf

Um Darwins Evolutionstheorie weiter auszubauen, erarbeitet Haeckel eine embryologische Argumentation für die Theorie. Dafür formuliert er das bis heute bekannte „biogenetische Grundgesetz“. Dieses besagt, dass der Embryo oder die Larve in ihrer körperlichen Entwicklung, der Ontogenese, die stammesgeschichtliche Entwicklung dieser Tiergruppe gewissermaßen im Schnelldurchgang nachvollzieht.
Ausgangspunkt dafür war die Beobachtung, dass die Embryos zweier unterschiedlicher Arten – wie etwa von Fischen und Säugetieren – sich in ihren ersten Stadien stärker ähneln als erwachsene Exemplare derselben Arten. Zum Beispiel sind ein Jungfisch und ein menschlicher Embryo im ersten Stadium nach der Befruchtung noch kaum zu unterscheiden.
So bilden sich beim Menschen im Alter von wenigen Wochen nach der Befruchtung beispielsweise in der Halsregion Strukturen aus, die Kiemenspalten ähneln. Die Struktur wächst sich im Laufe der weiteren Entwicklung heraus, könnte aber ein Hinweis auf unsere ferne Verwandtschaft zu Fischen sein, so Haeckel.