Messel lag vor 50 Millionen Jahren etwa auf der Höhe von Neapel, also 10 Grad näher am Äquator. Außerdem war das Erdklima ohnehin wärmer als heute. So dürfte sich rund um den Messeler Maarsee eine ausgedehnte Tropenlandschaft erstreckt haben, mit 25°C Durchschnittstemperatur und immergrünem Wald.
Der See selbst war ein tiefes Wasserloch. Tiefbohrungen haben 200 Meter bituminöse Tonsteinen durchstoßen, welche gleichzeitig die Form des eozänen Sees nachzeichnen. Doch im Gegensatz zum späteren Stöffeler Maar ist der See nicht durch eine Katastrophe verschüttet worden, sondern ungewöhnlich langsam, über fast zwei Millionen Jahre, versandet. In seinen feinen Sedimenten schlummert nahezu die gesamte Fauna und Flora seiner Zeit, welche nun wieder ans Tageslicht geholt wurde.
Für das hessische Bergland heute eher ungewöhnlich, damals aber sehr zahlreich vorhanden: Krokodile. Die meisten waren allerdings nur 1,20 Meter lang. Gefährlicher war da wohl ihr bis zu vier Meter langer Verwandter Asiatosuchus. Die Reptile machten Jagd auf die zahlreichen Frösche (drei Familien), von denen man ein Exemplar sogar mit Laich fand. Kaulquappen hingegen fehlen fast völlig, vielleicht weil Raubfische ihnen nie Gelegenheit gaben, in die Seemitte vorzustoßen. Weitere Beute waren vermutlich Schildkröten und Knochenfische.
Um den See herum schlängelte, kroch, lief und flog eine exotische Tierwelt durch den Regenwald. Die Sumpfigen Stellen der Zuflüsse und Niederungen waren mit Riedgräsern, Weiden und Farnen bedeckt. Palmen, Lianen und Mistelgewächse leiteten zum Hochwald über. Dort lauerten Würgeschlangen, den heutigen Phytons und Boas verwandt, auf Beute.
