Im November 1796 stirbt Humboldts Mutter Elisabeth. Befreit von den mütterlichen Zielvorstellungen kündigt der 27-Jährige seine Stellung als Oberbergmeister und widmet sich ganz der Planung der ersehnten wissenschaftlichen Exkursion. Das Erbe seiner Mutter investiert er, um seinen Traum zu erfüllen. Seine Südamerika-Reise wird die erste privat finanzierte und daher staatlich ungebundene Wissenschafts-Expedition überhaupt.
Sorgfältig bereitet sich Humboldt einige Jahre vor: Er wählt die Messinstrumente aus, die er auf der Reise mitführen will und macht sich mit ihnen vertraut. Der Sextant, schon seit 1730 bekannt, ist wohl sein wichtigstes Vermessungsinstrument. Anhand eines größeren Spiegelsextanten bestimmt er mit Hilfe der Sterne seine Standorte, während sein Taschensextant es ihm ermöglicht, die Biegungen eines Flusses genau auszumessen. Doch erst in Kombination mit dem 1778 erfundenen Chronometer kann er die genauen Längengrade seiner Reisestationen festhalten.
Zusammen mit seinem Freund und Biologen Karl Ludwig Willdenow studiert Humboldt das Binäre System von Carl Linné zur Klassifikation von Pflanzen, mit dem er später die unbekannten Pflanzen und Tiere beschreiben und benennen will. Für die Arbeit führt er auch in Südamerika immer ein Mikroskop mit, damit er organisches Material direkt vor Ort untersuchen kann.
Die letzten Tests
Zunächst will Humboldt noch einige kürzere Reisen nach Italien und Ägypten unternehmen, um seine Instrumente und Messtechniken zu testen. Doch seine Reisepläne scheitern an Napoleons Feldzügen. Frustriert reist Humboldt von Wien über Salzburg nach Paris, wo er den Botaniker Aimé Bonpland kennenlernt. Mit ihm versucht er noch einmal eine Überfahrt nach Afrika in Marseille zu bekommen. Doch auch diese Anstrengung scheitert. Mit Bonpland auf dem Weg nach Spanien untersucht er im tiefsten Winter die chemische Zusammensetzung von Luft und unterirdischen Gasen. Zur Messung verwendet er einen Eudiometer, der erst 1778 erfunden wurde und noch selten verwendet wird.