Kochs Färbetechniken ermöglichen es ihm, verschiedene Bakterienstämme voneinander zu unterscheiden. Nun
beginnt er die mühsame Arbeit, die einzelnen Bakterien mit bestimmten Krankheiten in Zusammenhang zu bringen. Seine Idee: Es muss für jede Krankheit einen spezifischen Erreger geben. Ist dieser Erreger erst einmal isoliert, so hofft er, könnte man bald auch die Krankheit kontrollieren. Dabei geht Koch höchst systematisch vor.
Zunächst vergewissert er sich, dass ein Erreger in jedem Krankheitsstadium im infizierten Wirt zu finden ist. Vom erkrankten Wirt isoliert Koch dann die Erreger und züchtet sie in Reinkultur. Als nächstes impft er Versuchstiere mit Keimen aus diesen Kulturen und beobachtet, ob sie erkranken. Ist dies der Fall, isoliert er den Erreger erneut und vergleicht ihn mikroskopisch mit dem ursprünglichen. Sind sie identisch, konnte er mit Sicherheit sagen, dass dieser Mikroorganismus der Auslöser der Krankheit ist.
Krankheitserreger ja oder nein?
In einem Vortrag über bakteriologische Forschung auf dem 10. Internationalen Medizinischen Kongress 1890 in Berlin fasst Koch die Bedingungen, die ein Erreger erfüllen muss, um ohne Zweifel als Ursache für eine Krankheit zu gelten, zusammen: „Wenn es sich nun aber nachweisen ließe: