Nach Jahrhunderten der absoluten Dominanz beginnt die Macht der Minoer ab 1450 vor Christus plötzlich zu schwinden. Die Großmacht verliert sowohl kulturell als auch wirtschaftlich an Einfluss in der Ägäis. Auf Kreta entstehen zu dieser Zeit zwar noch immer neue Kunstwerke und auch einige Bauten. Aber an ihnen ist bereits der Einfluss einer anderen, konkurrierenden Kultur erkennbar: der Mykener.

Die Mykener haben ihren Machtmittelpunkt auf dem griechischen Festland und dehnen ihr Reich zu dieser Zeit immer weiter über die Inseln der Ägäis aus. Während zuvor die Minoer in diesem Gebiet dominierten, wendet sich nun das Blatt und die Mykener gewinnen die Oberhand. Dass dies auch in Form von Kriegszügen geschah, davon zeugen Spuren von Zerstörungen und Bränden aus dieser Zeit. Warum allerdings die minoische Kultur kurz darauf komplett unterging, ist bis heute ein Rätsel – und ein Gegenstand reger Debatten unter Archäologen.
Der große Ausbruch
Eine der bekanntesten möglichen Ursachen für den Niedergang der Minoer ist der Ausbruch des unter der Insel Thera liegenden Vulkans – vermutlich um 1600 vor Christus, möglicherweise aber auch erst 100 Jahre später – hier streiten sich die Forscher noch. Ausgrabungen zeigen, dass Erdbeben und aufsteigender Rauch die Eruption damals schon längere Zeit ankündigten, die Menschen konnten sich und ihre Habe daher vermutlich rechtzeitig in Sicherheit bringen.

Dann jedoch begann der Vulkan, Gase, Asche und Bimsstein auszustoßen. Die Aschewolken zogen schnell auch bis nach Kreta und Troja und erreichten sogar Teile des Nahen Ostens. Meerwasser drang in den Schlot ein und die Energie entlud sich in einer gewaltigen Explosion. Die Folgen der Eruption waren verheerend: Thera wurde förmlich zerfetzt, von ihr blieb nur die sichelförmige Insel zurück, die heute den Namen Santorin trägt. Die Hafenstadt Akrotiri wurde unter Asche begraben. Ein Tsunami könnte zudem die minoischen Küstenstädte im Norden Kretas weitgehend zerstört oder zeitweilig überschwemmt haben.