Schon Hippokrates ahnte es: „Nicht mit dem Herzen, sondern mit dem Gehirn denken wir.“ Damit war er seiner Zeit um viele Jahrhunderte voraus: Obwohl das Organ, dem die antiken Griechen den Namen „en kephale“ ( im Kopf gelegen) gegeben haben, die Menschen von jeher faszinierte, begriff man nur langsam, dass allein das Gehirn der Entstehungsort unserer Gedanken, Gefühle und letztlich des Bewusstseins ist.
Mittelalterliche Gelehrte betrachteten den Liquor – die Flüssigkeit in den Hohlräumen des Gehirns – als Sitz der Seele und ordneten den einzelnen Ventrikeln verschiedene geistige Funktionen zu. Auch Leonardo da Vinci, das Allround-Genie der Renaissance war bei seinen sonst sehr realistischen Zeichnungen immer noch von dieser Vorstellung geprägt.
Der Philosoph René Descartes (1596 – 1650) verglich das Gehirn mit einem mechanischen Automaten. Er glaubte, eine in den Ventrikeln enthaltene Substanz (Pneuma) werde durch die von den Sinnesorganen kommende Erregung unter Druck gesetzt und von der Epiphyse in die mit Röhrchen vergleichbaren Nerven umgeleitet. So sollte das Pneuma zur Muskulatur gelangen, um die Bewegungen auszulösen.
Von Anfang an stellte die Hirnforschung zwei fundamentale Fragen: „wie kommt eine geistige Leistung zu Stande?“ und „wo im Gehirn spielt sich diese Leistung ab?“. Franz Joseph Gall (1758 – 1828), Begründer der so genannten Phrenologie, beunruhigte seine Zeitgenossen mit der Behauptung, bestimmte Hirnleistungen seien an Schädelwölbungen ertastbar.