Alle Arbeiten in der tiefen Biosphäre beruhen auf Bohrungen. Selbst bei der Arbeit in Minen muss einige Meter in das anstehende Gestein gebohrt werden, um Proben zu gewinnen, die nicht durch Sauerstoff oder fremde Lebewesen von der Oberfläche kontaminiert sind. Bohren im Gestein ist jedoch unter geobiologischem Gesichtspunkt eine ziemlich schmutzige Angelegenheit: Große Mengen an Flüssigkeit müssen durch das Bohrloch gepumpt werden, um das ausgebohrte Material aus dem Loch zu befördern und um den Bohrer zu kühlen.
Auch reines Wasser ist nicht rein
Je nach Bohrtechnik, der Tiefe des Bohrlochs und anderen Parametern besteht die sogenannte Spülung aus verschiedenen Substanzen. Im für die Mikrobiologie günstigsten Fall wird als Spülung reines Wasser verwendet. Aber selbst dann besteht normalerweise nicht die Möglichkeit einer kompletten Sterilisation des Wassers, da die eingesetzten Mengen von mehreren Tausend Litern pro Stunde zu groß sind.
Reines Wasser ist zudem aufgrund seiner geringen Dichte und Viskosität nur sehr eingeschränkt in der Lage, die ausgebohrten Gesteinsreste aus dem Bohrloch zu entfernen. Daher wird die Spülung häufig mit Tonmineralen oder Verdickungsmitteln versetzt und so die Dichte und Viskosität erhöht. Diese Zusätze vergrößern die Gefahr, dass weitere Mikroben in die Bohrspülung eingetragen werden.
Mikrobenfutter im Verdickungsmittel
Ein weiteres großes Problem besteht darin, dass viele der eingesetzten Verdickungsmittel biologisch abbaubar sind. Biologisch abbaubar bedeutet jedoch, dass sich diese Verbindungen in der Natur oder im Untergrund leicht zersetzen – und das geschieht in der Regel durch die Arbeit von Mikroben. Das ist zwar vom Standpunkt des Umweltschutzes aus sehr positiv zu bewerten. Dieser Umstand bedeutet allerdings auch, dass den Mikroben zusätzliche Nährstoffen zugeführt werden und sie sich dementsprechend gut vermehren.