Nach der Überquerung des Atlantik errreichte die Challenger zunächst die Insel St. Thomas in der Karibik. Von dort ging es nordwärts über Bermuda bis nach Halifax an der kanadischen Küste, und wieder zurück nach Bermuda. Dabei kreuzte die Expedition zweimal den Golfstrom, beim zweiten Mal weiter östlich als zuvor. Dessen Strömung und Temperatur schenkten die Wissenschaftler besondere Aufmerksamkeit, bevor sie sich wieder auf den Weg machten.
Kreuz und quer über den Atlantik
Dann ging es kreuz und quer wieder über den Atlantik: Weiter nördlich als bei der ersten Überquerung erst zu den Azoren, dann wieder nach Madeira. Solche Routen sollten typisch für die Expeditionsfahrt werden: Die Challenger nahm nur selten den direkten Weg von einem Ort zum nächsten. In Schleifen, Kreisen und weiten Bögen sammelten die Forscher Proben und Daten aus größeren Gebieten.

In diesem schlingernden Kurs gelangte die Expedition schließlich auch auf die südliche Halbkugel. Die Route folgte eine Weile der brasilianischen Küste, dann folgte wieder ein Abschnitt über den offenen Atlantik. Dem abgelegenen Archipel um die Insel Tristan da Cunha statten die Forscher einen Besuch ab, wobei sie die Hauptinseln umrundeten und deren Küsten neu vermaßen.
Schließlich führte der Kurs vorbei am Kap der guten Hoffnung und in den südlichen indischen Ozean. Weitere abgelegene Inseln waren die nächsten Ziele: Die unbewohnten Prince-Edward-Inseln, die Crozet Inseln und die Kerguelen, alle im Bereich der starken Westwinde zwischen dem 40. Und dem 50. Südlichen Breitengrad.